沈陽(yáng)藥科大學(xué)國(guó)家藥物創(chuàng)新綜合性平臺(tái)檢驗(yàn)檢測(cè)中心擴(kuò)大技術(shù)裝備更新改造項(xiàng)目（三十六）招標(biāo)項(xiàng)目的潛在供應(yīng)商應(yīng)在線上獲取招標(biāo)文件,并于****年**月**日 **時(shí)**分（北京時(shí)間）前遞交投標(biāo)文件。
軟件1
1、軟件主要技術(shù)要求
1) ▲軟件必須是統(tǒng)一完整的計(jì)算平臺(tái)，即所有功能模塊必須在唯一且相同的界面下使用。
2) 軟件必須能夠?qū)崿F(xiàn)在同一基本環(huán)境中方便搭建藥物分子、納米、催化劑及復(fù)合材料等模型，動(dòng)態(tài)顯示計(jì)算結(jié)果；
3) 軟件必須支持標(biāo)準(zhǔn)的客戶端/服務(wù)器結(jié)構(gòu)，兩端同時(shí)至少支持Windows和Linux兩種操作系統(tǒng)，必須可以同時(shí)在Windows和Linux操作系統(tǒng)下運(yùn)行計(jì)算任務(wù)；
4) 軟件模塊必須可同時(shí)包含量子力學(xué)、分子力學(xué)動(dòng)力學(xué)、高分子及介觀模塊方法、晶體學(xué)等模擬方法，軟件各模塊之間可以實(shí)現(xiàn)無(wú)轉(zhuǎn)換直接數(shù)據(jù)共享。
5) ▲為保證系統(tǒng)的安全性、可維護(hù)性和保密性，軟件在運(yùn)行時(shí)只允許使用一個(gè)許可證加密文件，并且能夠在局域網(wǎng)內(nèi)浮動(dòng)運(yùn)行。
6) ★要求軟件的所有模塊必須為永久使用權(quán)，提供一年免費(fèi)升級(jí)。
7) 要求提供教育科研版、教學(xué)版。
2、軟件具體功能參數(shù)要求
1) 要求可用來(lái)搭建分子、晶體、界面、表面及高分子材料結(jié)構(gòu)模型，也可以構(gòu)建樣式各異的納米團(tuán)簇、介觀尺度的結(jié)構(gòu)模型等。
2) ★要求提供采用原子軌道線性組合的方法描述體系的量子力學(xué)程序。
3) 要求提供使用平面波贗勢(shì)的方法的量子力學(xué)程序。
4) 要求能預(yù)測(cè)NMR化學(xué)位移和電場(chǎng)梯度張量。
5) 要求提供一款融合了密度泛函方法準(zhǔn)確性和緊束縛方法高效性的半經(jīng)驗(yàn)量子力學(xué)程序。
6) ▲要求將量子力學(xué)方法和分子力學(xué)方法結(jié)合在一起，能夠計(jì)算大體系的各種性能。
7) 要求能建立各種復(fù)雜無(wú)定型體系的模型，并對(duì)其主要性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)。
8) ▲要求提供一個(gè)支持對(duì)凝聚態(tài)材料進(jìn)行原子水平模擬的力場(chǎng)。
9) 要求提供經(jīng)典分子力學(xué)工具，可以對(duì)分子或周期性體系進(jìn)行快速的能量計(jì)算及可靠的幾何優(yōu)化以及動(dòng)力學(xué)模擬，可以實(shí)現(xiàn)模擬淬火、退火等功能。
**) 要求提供一款采用蒙特卡羅模擬退火方法搜索吸附質(zhì)在基底材料上的最低能量吸附構(gòu)象的程序。
**) 要求提供一款基于巨正則蒙特卡洛方法預(yù)測(cè)單一或混合組分在微孔材料和介孔材料中吸附的程序。
**) 要求提供基于分子力場(chǎng)的晶格模擬程序，可以進(jìn)行幾何結(jié)構(gòu)和過(guò)渡態(tài)的優(yōu)化，離子極化率的預(yù)測(cè)，以及分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算。
**) 要求提供一款以力場(chǎng)為基礎(chǔ)，采用擴(kuò)展的Flory-Huggins模型估算二元混合物體系相容性的程序。
**) 要求提供一個(gè)包含粗?；肿觿?dòng)力學(xué)以及耗散粒子動(dòng)力學(xué)兩種方法，并以軟凝聚態(tài)材料為主要研究對(duì)象的介觀模擬工具。
**) 要求提供一款基于動(dòng)態(tài)平均場(chǎng)密度泛函方法的介觀模擬程序，主要用于復(fù)雜流體，包括聚合物熔體和混合體系在介觀尺度的動(dòng)力學(xué)研究。
**) ▲要求能模擬晶體材料的XRD、中子以及電子等多種粉末衍射圖譜。
**) 要求提供一套可以從高質(zhì)量的粉末衍射數(shù)據(jù)確定晶體結(jié)構(gòu)的完整工具。包括粉末指標(biāo)化、Pawley精修、解結(jié)構(gòu)以及Rietveld精修。
**）要求提供一個(gè)通過(guò)材料晶體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)其晶粒形貌的工具。它可對(duì)特定添加劑、溶劑以及雜質(zhì)存在下的晶體形貌研究提供幫助。
軟件2
1、詳細(xì)配置要求
1) 要求至少**個(gè)tokens庫(kù)，至少5年使用權(quán)含5年軟件升級(jí)，包含以下模塊：Canvas, ConfGen, Core Hopping, Epik, Glide, LigPrep, Jaguar, Jaguar pKa, MacroModel, Phase, Prime, QikProp, SiteMap。
2) ▲要求一個(gè)GPU license，5年使用權(quán)含5年軟件升級(jí)。
3) 要求提供界面 License，5年使用權(quán)含5年軟件升級(jí)。
2、主要技術(shù)指標(biāo)
1) 提供藥物靶標(biāo)結(jié)構(gòu)模建功能，模建時(shí)序列比對(duì)需提供Blast和PSI-Blast兩種方法，蛋白家族認(rèn)證時(shí)使用HMMER/Pfam方法。軟件在確定模版時(shí)可以考慮家族信息。靶標(biāo)Loop區(qū)預(yù)測(cè)采用從頭預(yù)測(cè)的方法；
2) 要求動(dòng)力學(xué)功能，支持在GPU上運(yùn)行，并提供隨機(jī)動(dòng)力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)兩種優(yōu)化方法。使用立方體、斜方體、截角八面體、菱形十二面體和任意三斜模擬盒在周期性邊界條件下執(zhí)行顯式溶劑模擬，并可用于在各種條件下對(duì)顯式膜系統(tǒng)進(jìn)行建模。
3) 提供以下算法評(píng)價(jià)靶標(biāo)蛋白結(jié)構(gòu)的合理區(qū)和不合理區(qū)：RamachandranPlot；PeptidePlanarity；StericClashes；BondLengthDeviations；BondAngleDeviations；BackboneDihedrals；SidechainDihedrals；G-factorSummary；AverageB-factors；GammaAtomB-factors；SidechainPlanarity；ImproperTorsions；C-alphaStereochemistry；MissingAtoms；
4) 對(duì)接模塊，針對(duì)靶標(biāo)結(jié)構(gòu)可以實(shí)現(xiàn)高通量虛擬篩選，在虛擬篩選過(guò)程中，根據(jù)時(shí)間和精度的需要，軟件提供三種對(duì)接模式：最快的模式可以2秒篩選一個(gè)配體；中等精度模式可**秒內(nèi)篩選一個(gè)配體；最高精度模式可5-**分鐘篩選一個(gè)配體。軟件在虛擬篩選時(shí)可以加入配體性質(zhì)過(guò)濾器，過(guò)濾器可以是分子量、反應(yīng)官能團(tuán)、ADME性質(zhì)等，將不符合條件的配體從庫(kù)中排除。對(duì)接時(shí)要求打分函數(shù)包含靶標(biāo)活性位點(diǎn)疏水面的計(jì)算，既可以考慮熵的變化也考慮焓的變化。軟件在虛擬篩選時(shí)能預(yù)測(cè)反應(yīng)官能團(tuán)而有效發(fā)現(xiàn)結(jié)果中的假陽(yáng)性。
5) 軟件提供工具構(gòu)建配體分子，配體分子應(yīng)包括有機(jī)化合物、肽、核酸或者多糖分子；
6) ▲軟件提供共價(jià)對(duì)接功能；
7) 軟件可以根據(jù)靶標(biāo)配體的結(jié)構(gòu)和活性生成藥效團(tuán)；
8) 可以預(yù)測(cè)藥物靶標(biāo)配體的ADME性質(zhì)預(yù)測(cè)，能夠在對(duì)接過(guò)程中，對(duì)整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，或者單個(gè)分子計(jì)算ADME性質(zhì)。
9) 計(jì)算的ADME性質(zhì)包含反應(yīng)官能團(tuán)（引起對(duì)接結(jié)果的假陽(yáng)性和生物體內(nèi)毒性問(wèn)題）、藥物針對(duì)中樞神經(jīng)系統(tǒng)的活性、藥物封閉HERG K+通道的IC**值、藥物的血腦屏障及血腦屏障模型MDCK細(xì)胞的滲透性；藥物的皮膚滲透性、可能的代謝反應(yīng)的數(shù)量、藥物和人的血清白蛋白的結(jié)合能力、口服藥物的吸收性、藥物從皮膚吸收到血液的最大滲透率等等；
**) 提供母核躍遷功能改造小分子化合物；
**) 提供基于結(jié)構(gòu)的藥效基團(tuán)方法，可用于快速篩選數(shù)百萬(wàn)種化合物（軟件不提供化合物庫(kù)，化合物庫(kù)需要客戶自行準(zhǔn)備），從而獲得了基于配體和結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)方法的優(yōu)勢(shì)。
**）所有軟件功能必須在統(tǒng)一圖形操作界面下運(yùn)行，要求提供5年的軟件使用權(quán)限，并且包含5年的軟件升級(jí)；
軟件3
1、軟件總體技術(shù)要求
1) ▲軟件必須是統(tǒng)一完整的計(jì)算平臺(tái)，即所有功能模塊必須在唯一且相同的界面下使用。
2) 軟件是國(guó)際通用、技術(shù)成熟的商用軟件，所有功能模塊為原廠商開(kāi)發(fā)并整合在統(tǒng)一的軟件圖形界面下使用。
3) 軟件為標(biāo)準(zhǔn)“客戶端-服務(wù)器”結(jié)構(gòu)，兩端可同時(shí)至少支持Windows和Linux操作系統(tǒng)，所有模塊都支持工作流技術(shù)。
4) 所有模塊必須能實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)共享，同時(shí)能夠在局域網(wǎng)上浮動(dòng)運(yùn)行。為保證全部軟硬件系統(tǒng)的安全性、可維護(hù)性和保密性，所有模塊在運(yùn)行時(shí)只允許使用一個(gè)許可證加密文件。
5) ▲具有同源建模、分子對(duì)接、蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)、分子動(dòng)力學(xué)模擬、QM/MM計(jì)算、藥效團(tuán)模型、QSAR模型、TOPKAT、PharmaDB等功能模塊。
6) ★要求軟件的所有模塊必須為永久使用權(quán)，提供一年免費(fèi)升級(jí)。
7) 要求提供教育科研版、教學(xué)版。
2、 軟件功能模塊技術(shù)要求
1)提供核心基礎(chǔ)模塊包，實(shí)現(xiàn)基本的分子結(jié)構(gòu)顯示、分子構(gòu)建、結(jié)果分析、Perl腳本編程、任務(wù)管理等工具，基于工作流平臺(tái)實(shí)現(xiàn)軟件所有模塊之間的無(wú)縫操作鏈接流程。核心基礎(chǔ)模塊包主要功能包括：可視化界面，服務(wù)器/客戶端可安裝在同一臺(tái)機(jī)器上，提供化學(xué)/生物學(xué)數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動(dòng)態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能；包含經(jīng)典的分子力學(xué)和動(dòng)力學(xué)模擬工具，要求商業(yè)版本且與上述可視化界面完美結(jié)合，可通過(guò)可視化界面或者命令行兩種方式提交并完成計(jì)算任務(wù)，并包括基于CHARMm力場(chǎng)的半柔性分子對(duì)接工具；蛋白質(zhì)、肽類和核酸結(jié)構(gòu)搭建、修改和分析的工具；可針對(duì)模建結(jié)果，進(jìn)行蛋白質(zhì)氨基酸側(cè)鏈和loop區(qū)的優(yōu)化，提高模建結(jié)果的合理性；包括分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算及其計(jì)算結(jié)果圖形分析工具，能夠分析和顯示蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)與配體復(fù)合物的分子動(dòng)力學(xué)軌跡文件；基于自由能微擾方法精確計(jì)算小分子化合物組合庫(kù)的相對(duì)結(jié)合自由能；化合物和藥效團(tuán)疊合并打分評(píng)估，為結(jié)構(gòu)修飾和改造提供信息；提供多樣、完全且快速的構(gòu)象模型生成工具，可產(chǎn)生化合物的多構(gòu)象模型；可進(jìn)行QM/MM計(jì)算；密度泛函量子力學(xué)計(jì)算工具，計(jì)算分子中與電子相關(guān)的描述符。
2)提供基于小分子的設(shè)計(jì)工具包，主要功能包括：提供通過(guò)化學(xué)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)吸收、分布、代謝、排泄（ADME）和毒理性質(zhì)的計(jì)算模型；化合物毒性預(yù)測(cè)工具，通過(guò)化合物的二維信息及高質(zhì)量的QSAR模型，同時(shí)利用“最佳預(yù)測(cè)空間”評(píng)估驗(yàn)證技術(shù)，對(duì)各類有機(jī)化合物的毒理性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)；建立Catalyst HipHop和HypoGen藥效團(tuán)模型和管理藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫(kù)，搜索藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫(kù)；自動(dòng)的藥效團(tuán)產(chǎn)生工具，包括三種生成藥效團(tuán)模型的方式；基于受體結(jié)構(gòu)反推與受體相作用的小分子的藥效團(tuán)模型；基于配體三維結(jié)構(gòu)產(chǎn)生藥效團(tuán)模型和基于受體-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)產(chǎn)生藥效團(tuán)模型；定量構(gòu)效關(guān)系研究，可以快速計(jì)算近千種的分子拓?fù)涿枋龇?、分子指紋等基本性質(zhì)，并進(jìn)行分析和統(tǒng)計(jì)建模；可使用貝葉斯模型、遺傳算法、偏最小二乘法以及多元線形回歸等多種統(tǒng)計(jì)方法；可設(shè)計(jì)和選擇虛擬組合庫(kù)。
3)提供基于受體結(jié)構(gòu)的小分子設(shè)計(jì)工具包，主要功能包括：提供多種CHARMm力場(chǎng)，可優(yōu)化DNA、RNA、糖類、脂質(zhì)、蛋白、多肽及小分子模型的高級(jí)力場(chǎng)參數(shù)；產(chǎn)生全新的小分子或?qū)σ延心负诉M(jìn)行側(cè)基改造；融合蛋白側(cè)鏈優(yōu)化、多種對(duì)接方法、配體多構(gòu)象生成等多種方法，使用經(jīng)典的CHARMm力場(chǎng)進(jìn)行柔性對(duì)接；將柔性配體快速對(duì)接到受體相互作用區(qū)的對(duì)接；基于Ludi受體結(jié)構(gòu)的全新小分子設(shè)計(jì)；基于MCSS片斷的小分子設(shè)計(jì)。
4)提供蛋白質(zhì)模建工具，主要功能包括：對(duì)蛋白家族序列分析、結(jié)構(gòu)比對(duì)、進(jìn)化蹤跡分析；自動(dòng)同源蛋白建模；評(píng)價(jià)蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)模型是否相容；生物信息學(xué)序列搜索、分析工具；提供對(duì)X射線晶體學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)到結(jié)構(gòu)構(gòu)建和精修的全套工具和工作流程；基于經(jīng)典的蛋白-大分子對(duì)接及優(yōu)化后的算法程序，通過(guò)可視化界面調(diào)用，快速而準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)蛋白-大分子復(fù)合物結(jié)果，并可對(duì)結(jié)果進(jìn)行聚類分析；基于AggMap、SCM識(shí)別生物大分子中容易產(chǎn)生聚集效應(yīng)的表面區(qū)域位點(diǎn)及區(qū)域大小，繼而預(yù)測(cè)突變位點(diǎn)以提高蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性。
5)▲提供反向?qū)映绦?，主要功能包括：支持?PDB、AlphaFold數(shù)據(jù)庫(kù)抓取、清洗與標(biāo)準(zhǔn)化蛋白結(jié)構(gòu)；內(nèi)置“人源-疾病-通路”三層級(jí)注釋體系，可一鍵生成面向中藥研究的專屬反向?qū)影袠?biāo)庫(kù)（≈ **,**0 結(jié)構(gòu)）；提供去冗余、側(cè)鏈補(bǔ)全、能量最小化、結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)等預(yù)處理流程，確保后續(xù)對(duì)接精度。單分子/多分子批量模式無(wú)縫切換，多個(gè)化合物 vs 全庫(kù)靶標(biāo)的并行對(duì)接；集成 DS LibDock、CDOCKER、GOLD三種算法，自動(dòng)推薦最佳打分函數(shù)組合，兼顧精度與效率；結(jié)果以交互式圖表，支持直接導(dǎo)出高清圖表與可視化腳本。
軟件4
1) 要求提供可視化、分析、分享與交互。
2) 要求提供蛋白與配體結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備工作流。
3) 要求支持XED力場(chǎng)與OpenFF力場(chǎng)進(jìn)行比較的幾何優(yōu)化。
4) 要求支持單核心與本臺(tái)機(jī)器不限核心數(shù)的分子對(duì)接計(jì)算，支持標(biāo)準(zhǔn)對(duì)接、模板對(duì)接、共價(jià)對(duì)接；支持蛋白構(gòu)象系綜對(duì)接。
5) 要求提供python GUI界面：通過(guò)python進(jìn)行自動(dòng)操作。
6) 要求用XED力場(chǎng)計(jì)算蛋白的靜電（正、負(fù)相互作用勢(shì)）、Vdw勢(shì)、疏水勢(shì)，可以用來(lái)研究蛋白結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，蛋白設(shè)計(jì)、指導(dǎo)設(shè)計(jì)場(chǎng)互補(bǔ)的配體。
7) ★要求基于XED場(chǎng)的靜電互補(bǔ)性分析，可以定量的了解蛋白-配體的靜電互補(bǔ)性，為配體或蛋白設(shè)計(jì)提供指導(dǎo)。
8) 要求基于XED場(chǎng)的配體形狀與靜電疊合工具，可用于虛擬篩選、配體設(shè)計(jì)、QSAR分析、FEP計(jì)算等。
9) ▲要求分析、管理配體構(gòu)象，比如用QM、基于統(tǒng)計(jì)的扭轉(zhuǎn)角分析等來(lái)確保生成的構(gòu)象是合理的。
**) 要求基于CSD扭轉(zhuǎn)角數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)象質(zhì)量打分工具（需要CCDC的license支持），可以發(fā)現(xiàn)3D結(jié)構(gòu)的不合理之處。可用于構(gòu)象分析、分子對(duì)接、分子疊合等虛擬篩選后包含的高能構(gòu)象，這些構(gòu)象是虛擬篩選假陽(yáng)性的主要原因。
**) 要求內(nèi)置不少于**0個(gè)化學(xué)反應(yīng)，可以根據(jù)你提供的化學(xué)試劑，用這些反應(yīng)生成虛擬的化合物庫(kù)，確保這些化合物是你可以合成的，并用于后續(xù)的分子設(shè)計(jì)與虛擬篩選。
**) ▲要求提供分子結(jié)構(gòu)衍生化工具。從一個(gè)化合物出發(fā)，可以對(duì)分子行進(jìn)行結(jié)構(gòu)修飾以用用于苗頭到先導(dǎo)或先導(dǎo)化合物的優(yōu)化。
**) 要求對(duì)系列化合物進(jìn)行基于R基團(tuán)的分析，以了解這些化合物公共母核、可變側(cè)鏈、已經(jīng)探索過(guò)的化學(xué)空間、提示尚未被探索過(guò)的化學(xué)空間、R基團(tuán)SAR等等。
**) 要求提供活性懸崖分析工具，從2D、3D角度分析結(jié)構(gòu)微小改變導(dǎo)致活性變化的原因。
**) ▲要求提供一種定性SAR分析工具。
**) 要求提供支持向量機(jī)、隨機(jī)森林、高斯過(guò)程、kNN、多層感知機(jī)等機(jī)器學(xué)習(xí)與深度學(xué)習(xí)方法，支持自動(dòng)生成2D與3D描述符，用來(lái)建立2D/3D-QSAR模型（回歸與分類）。支持自動(dòng)模式，可以自動(dòng)用各種模型探索，然后保留最佳的方法，還支持多個(gè)方法一致性的模型。除此之外，還支持PCA與PLS的3D-QSAR。
**) 要求當(dāng)缺乏蛋白-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)時(shí)，可以用FieldTemplater從幾個(gè)結(jié)構(gòu)不同但是結(jié)合于同一口袋的配體出發(fā)建立靜電與形狀相似的“藥效團(tuán)”模型，以預(yù)測(cè)這些化合物潛在的生物活性構(gòu)象。
**) ▲要求內(nèi)置現(xiàn)代的量子力學(xué)計(jì)算工具，可以用來(lái)進(jìn)行幾何優(yōu)化、分子靜電分析、構(gòu)象能計(jì)算、溶劑化自由能計(jì)算、分子力場(chǎng)自動(dòng)擬合，結(jié)構(gòu)構(gòu)象張力能計(jì)算。
**) 要求支持快速的單點(diǎn)MM/GBSA與基于MD軌跡的MM/GBSA方法進(jìn)行結(jié)合自由能預(yù)測(cè)，用于同系物的優(yōu)先級(jí)排序。
**) 要求提供同源建模服務(wù)器，實(shí)現(xiàn)從序列到3D結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)。
**) ★要求提供高精度的分子動(dòng)力學(xué)模擬預(yù)測(cè)水合位點(diǎn)及其熱力學(xué)性質(zhì)計(jì)算，可以用來(lái)指導(dǎo)基于結(jié)構(gòu)的設(shè)計(jì)與虛擬篩選。
**) 要求提供基于格點(diǎn)的水合位點(diǎn)及其熱力學(xué)性質(zhì)計(jì)算，可以用來(lái)為分子動(dòng)力學(xué)模擬、FEP計(jì)算結(jié)合自由能等提供高質(zhì)量的蛋白結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備工作。
**) 要求高精度的絕對(duì)結(jié)合自由能計(jì)算方法。
**) ▲要求提供蛋白結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)工具，并對(duì)潛在的結(jié)合位點(diǎn)打分，評(píng)估可成藥行。追蹤分子動(dòng)力學(xué)模擬軌跡結(jié)合口袋的形狀變化。
**) ★要求提供自動(dòng)化配體力場(chǎng)生成工具。分子動(dòng)力學(xué)模擬與FEP計(jì)算等依賴精確的配體力場(chǎng)，該模塊提供了基于QM與深度學(xué)習(xí)勢(shì)的配體分子力場(chǎng)生成工具。
**) 要求提供分子動(dòng)力學(xué)模擬工具，支持GCNCMC水分子增強(qiáng)采樣。
**) 要求提供相對(duì)結(jié)合自由能計(jì)算工具，支持基于QM與深度學(xué)習(xí)勢(shì)的自動(dòng)配體參數(shù)生成，支持GCNCMC水分子增強(qiáng)采樣，支持本地與云資源至少**0張GPU卡。
**) 要求提供命令行界面，提供python編程庫(kù)以及命令行版本。
**) 提供單機(jī)版，授權(quán)給指定用戶，指定用戶及其課題組成員（不超過(guò)**人）可用。
**）授權(quán)有效期：授權(quán)之日起5年，且5年內(nèi)支持免費(fèi)升級(jí)。
軟件5
1、計(jì)算軟件功能要求：
1) 支持分子力學(xué)計(jì)算，包括Amber、Dreiding和UFF力場(chǎng)；
2) 支持半經(jīng)驗(yàn)方法，包括CNDO/2、INDO、MINDO3、MNDO、AM1、PM3、PM3MM、PM6、PDD、PM7；
3) ▲支持量子化學(xué)從頭算方法；
4) EOMCC 耦合簇運(yùn)動(dòng)方程(EOM-CC)方法支持結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
5) 支持純密度泛函方法計(jì)算中使用基組的密度擬合技術(shù)；
6) 支持純密度泛函方法計(jì)算中使用通用長(zhǎng)程校正方案(LC)；
7) ▲支持雜化密度泛函方法，M** family, MN**, MN**L等泛函；
8) 支持雙雜化密度泛函方法，DSDPBEP**, PBE0DH及PBEQIDH；
9) 支持將分子內(nèi)各個(gè)片段的初始猜測(cè)整合為對(duì)整個(gè)分子的初始猜測(cè)；
**) 支持ONIOM分層計(jì)算方法；支持HF、DFT和ONIOM(MM:MO)等級(jí)下的BOMD和ADMP分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算；
**) 支持紅外、拉曼、共振拉曼、核磁、振動(dòng)圓二色等基態(tài)光譜的計(jì)算，VCD及ROA光譜支持非諧振計(jì)算；
**) 支持激發(fā)態(tài)的幾何構(gòu)型優(yōu)化和頻率分析，激發(fā)態(tài)計(jì)算支持解析頻率、過(guò)渡態(tài)優(yōu)化(TS)及內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)計(jì)算(IRC)；
**) 支持溶液中指定態(tài)的激發(fā)或者去激發(fā)計(jì)算，激發(fā)態(tài)電荷轉(zhuǎn)移分析；
**) 支持電子振動(dòng)光譜計(jì)算
**) 支持量子化學(xué)組合方法：Gn、CBS系列和W1系列方法；
**) 支持Linux系統(tǒng)。
2、可視分析軟件要求
1) 顯示分子結(jié)構(gòu)及相關(guān)信息
2) 提供各種建模方式、模板和坐標(biāo)
3) 計(jì)算設(shè)置和運(yùn)行
4） 顯示化學(xué)計(jì)算軟件的計(jì)算結(jié)果、數(shù)據(jù)和圖形；支持Windows系統(tǒng)。
軟件6
1) 可計(jì)算幾何性質(zhì)、電子性質(zhì)、狀態(tài)方程和力學(xué)性質(zhì)、表面性質(zhì)、光學(xué)性質(zhì)、磁學(xué)性質(zhì)、材料激發(fā)態(tài)（GW準(zhǔn)粒子修正）
2) 支持從頭分子動(dòng)力學(xué)模擬并能夠計(jì)算電聲耦合；
3) ▲支持多種泛函包括：AM**、PBEsol、PBE、rPBE、BLYP、HSE**、PBE0、B3LYP、vdW-DF、vdW-DF2、revTPSS、TPSS、M**-L；
4) 支持Screened Exchange和Hartree-Fock等非局域相互作用方法；支持OpenMP和MPI混編，OpenAcc支持GPU；支持介電相關(guān)雜化泛函（DDH/DSH）；
5) 能夠基于Space-time計(jì)算極化率，適用于研究大體系；能夠應(yīng)用Space-time算法（Low Scaling ACFDT/RPA）得到精確的能量、力和聲子譜；
6) 能夠應(yīng)用Space-time算法在ACFDT/RPA理論層面上自動(dòng)優(yōu)化原子位置；能夠應(yīng)用Moeller-Plesset微擾理論（MP2）得到精確能量；
7) 支持on-the-fly機(jī)器學(xué)習(xí)力場(chǎng)；
8） 要求三年內(nèi)提供小版本免費(fèi)升級(jí)。
客戶端
1) 要求提供不低于8核處理器以及提供一塊不少于8G顯存的顯卡
2) 要求提供不少于**2GB SSD硬盤以及提供不少于**G內(nèi)存
3) 要求配套不小于**寸電腦顯示器及鍵盤鼠標(biāo)
4） 要求數(shù)量：3套（每套含主機(jī)、顯示器、鍵盤、鼠標(biāo)）
